“실제 시가 산정이 핵심”, 법인 간 거래 시 놓치면 안 될 2025년 세무·법무 리스크 총정리

최근 중소기업을 운영하는 대표님들 사이에서 법인 간 거래의 투명성과 세무 리스크 관리가 최대 화두로 떠오르고 있습니다. 단순히 사업 편의를 위해 관계사 또는 특수관계인 법인과 거래했다가 예상치 못한 세무 조사를 받거나 막대한 증여세 폭탄을 맞는 사례가 급증하고 있기 때문입니다. 특히 2025년에는 특수관계 법인에 대한 규제가 더욱 정교해지고 있으며, 과거에 문제없던 거래 방식도 위험 요소로 재분류될 가능성이 높습니다.

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귀사의 거래 구조는 안전한 상태입니까? 많은 경영자가 겉으로 드러나는 법인세만 신경 쓰지만, 정작 실무에서 발목을 잡는 것은 **부당행위계산 부인** 규정과 **증여의제** 조항입니다. 법인 간 거래가 세무 당국에 의해 부인당하면, 거래 자체가 무효가 되는 것은 물론이고 막대한 추징금과 가산세가 부과됩니다. 이러한 위험에 미리 대비하고, 사업 확장의 발목을 잡는 세무 리스크를 최소화하기 위한 2025년 최신 실무 가이드를 제공합니다.

법인 간 거래, 왜 리스크가 되는가? (부당행위계산 부인과 증여의제)

법인 간 거래가 세무 당국의 주된 관심사가 되는 이유는 간단합니다. 관계사끼리의 거래를 통해 인위적으로 이익을 조작하거나, 특정 특수관계인(주주, 임원 등)에게 부의 이전을 시도할 가능성이 크기 때문입니다. 세법은 이러한 편법적인 행위를 막기 위해 두 가지 강력한 규정을 적용합니다.

특수관계법인 증여의제 규정의 이해

법인세법상의 ‘부당행위계산 부인’이 법인의 세금 계산을 바로잡는 규정이라면, 상속세 및 증여세법상의 **특수관계법인과의 거래를 통한 이익의 증여의제**는 궁극적으로 그 거래로 인해 간접적으로 이익을 본 개인(주주 등)에게 증여세를 부과하는 규정입니다. 이 규정은 특히 중소기업 대표들이 가장 예측하기 어렵고 부담스러워하는 부분입니다.

2023년 이후 세무 당국은 이 규정을 더욱 엄격하게 해석하는 추세입니다. 특수관계법인과의 거래 시 해당 법인이 이익을 얻었다면, 그 법인의 지배주주 등이 증여받은 것으로 간주하여 증여세를 계산합니다. 이익 계산 방법은 복잡하지만, 핵심은 정상적인 시가보다 현저히 낮거나 높은 가격으로 거래하여 다른 특수관계법인에게 부당한 이익을 전가했는지 여부입니다.

법인세법상 부당행위계산 부인의 함정

법인세법 제52조에 따라, 특수관계인과의 거래에서 정상적인 시가(時價)보다 높거나 낮은 가격을 적용하여 법인의 소득에 부당한 감소를 초래한 경우, 과세 당국은 그 거래를 부인하고 정상적인 시가로 계산하여 법인세를 재부과합니다. 여기서 중요한 것은 단순한 금액 차이가 아니라, 그 거래가 “조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”여야 한다는 점입니다. 하지만 실무에서는 시가와 거래가액의 차이가 5%(또는 3억 원)를 초과하면 사실상 부당행위계산 부인의 대상이 될 가능성이 매우 높습니다.

제가 실무에서 목격한 한 사례에서는, A법인이 B특수관계법인에게 용역을 제공하면서 시세보다 20% 낮은 가격을 적용했습니다. A법인은 당장의 이익을 줄였으나, 이는 사실상 B법인의 주주(A법인 대표의 가족)에게 간접적인 이익을 준 것으로 해석되어 부당행위계산 부인 대상이 되었습니다. 당초 아낀 법인세보다 훨씬 큰 규모의 추징금과 가산세가 부과된 것입니다.

특수관계의 범위를 정확히 파악하라: 2025년 규제 변화 대응

법인 간 거래의 위험도를 판단하려면 먼저 ‘특수관계인’의 정의를 정확히 이해해야 합니다. 단순히 가족 관계를 넘어, 경제적 지배 관계까지 폭넓게 포함되기 때문입니다. 2025년 실무에서는 이 특수관계의 판단 기준을 더욱 면밀히 검토해야 합니다.

구분	특수관계 범위 (주요 항목)	실무적 위험 요소
혈족/인척 관계	6촌 이내 혈족, 4촌 이내 인척 (배우자 포함)	대표이사의 친인척이 운영하는 법인과의 거래
경영 지배 관계	법인의 의결권 있는 주식 30% 이상을 직/간접 소유한 경우	지분 구조가 복잡한 관계사 간의 용역 거래
임원/사용인 관계	해당 법인의 임원 또는 사용인, 그들의 경제적 지배를 받는 법인	퇴직 임원이 설립한 법인과의 지속적인 하도급 거래

법인과 개인사업자 간 거래, 특수관계 여부 판정

법인과 개인사업자 간의 거래 역시 세무상 큰 리스크를 안고 있습니다. 만약 개인사업자가 법인의 대표이사 또는 그 특수관계인이라면, 해당 거래는 특수관계인과의 거래로 간주됩니다. 특히 부동산 매매, 권리금 거래, 대여금/차용금 거래 등에서 문제가 발생하기 쉽습니다. 예를 들어, 대표이사가 소유한 개인사업자 부동산을 법인에 고가 또는 저가로 매매할 경우, 양쪽 모두에서 부당행위계산 부인 및 증여세 이슈가 발생할 수 있습니다.

권리금 거래의 경우도 마찬가지입니다. 법인사업자가 특수관계인인 개인사업자에게 시가보다 높은 권리금을 지급한다면, 이는 법인세법상 손금 불산입 및 대표이사에 대한 상여로 처리될 위험이 있습니다. 권리금은 무형자산으로 취급되므로, 반드시 제3자 감정평가기관의 객관적인 평가액을 기준으로 거래해야 세무 리스크를 최소화할 수 있습니다.

이러한 복잡한 특수관계 범위를 실시간으로 관리하고 거래의 적정성을 판단하는 것은 중소기업 실무자에게 큰 부담입니다. 따라서 사전에 전문가의 도움을 받아 거래 구조를 설계하는 것이 불필요한 세무 비용을 절감하는 핵심입니다.

전자세금계산서 발급 시 유의사항 등 기본적인 실무 절차를 준수하는 것만으로는 특수관계 거래의 리스크를 완전히 막을 수 없습니다. 핵심은 거래의 ‘경제적 합리성’을 입증하는 데 있습니다.

주요 거래 유형별 세무 함정 분석 (부동산, 용역, 자금 대여)

법인 간 거래에서 가장 빈번하게 세무 조사의 대상이 되는 세 가지 유형과 그에 대한 대응 전략을 살펴보겠습니다. 이 분야에서 실수를 저지르면 자칫 법인의 자금 흐름 전체가 위험해질 수 있습니다.

1. 부동산 거래 및 임대차 (시가 입증의 어려움)

특수관계법인 또는 특수관계인 개인과 법인 간의 **부동산 거래**는 가장 위험한 영역입니다. 상증세법에 따라 시가보다 30%(또는 3억 원) 이상 차이가 나거나, 임대료가 시세보다 현저히 낮을 경우 문제가 됩니다. 비상장 주식 거래나 부동산 거래는 시가가 불분명한 경우가 많으므로, 반드시 다음의 기준을 따라야 합니다.

• 감정평가액 활용: 거래일 전후 6개월 이내에 2개 이상의 감정평가기관으로부터 받은 감정가액을 기준으로 거래합니다.
• 유사 매매 사례가액: 인근 지역의 최근 3년 이내 거래된 유사 부동산의 매매 사례가액을 확보하여 시가를 입증합니다.
• 적정 임대료 설정: 법인이 특수관계인에게 부동산을 임대할 경우, 법인세법상 시가(감정가액, 개별공시지가 등)를 기준으로 계산한 적정 임대료를 설정하고 지급받아야 합니다.

2. 용역 및 컨설팅 수수료 거래 (합리적인 입증 자료)

용역 거래는 금액 산정이 주관적이기 때문에 세무 당국이 가장 먼저 들여다보는 항목 중 하나입니다. 관계사 간의 경영 자문, 기술 제공, 마케팅 용역 등이 이에 해당합니다.
용역 거래의 적정성을 입증하려면 다음의 자료를 반드시 구비해야 합니다.

• 계약서 및 업무 보고서: 용역의 범위, 기간, 대가를 명확히 명시한 계약서는 물론, 용역 수행의 구체적인 결과물(보고서, 회의록 등)을 시간 순서대로 보관해야 합니다.
• 원가 계산 자료: 용역 제공에 투입된 인력의 인건비, 경비 등 내부 원가 계산 자료를 근거로 수수료가 합리적으로 책정되었음을 입증해야 합니다. 외부 제3자에게 제공할 경우의 시가와 비교 자료를 마련하는 것이 가장 좋습니다.

3. 법인 간 자금 대여 거래 (적정 이자율 관리)

법인 간 **자금 대여**는 무이자로 하거나 저금리로 할 경우, 세법상 부당행위계산 부인 대상이 되어 이자 상당액이 법인의 익금으로 산입됩니다. 이는 법인세 증가의 직접적인 원인이 됩니다. 안전한 거래를 위해서는 대여 기간 동안의 금융기관 대출 이자율 등을 고려한 ‘당좌대출 이자율’을 적용해야 합니다.

만약 법인이 특수관계인에게 무이자로 자금을 대여했다면, 세법상 이자율(2024년 기준 4.6%)을 적용하여 법인의 소득에 포함시키고, 상대 법인은 이자를 지급한 것으로 보아 손금에 산입할 수 없습니다. 따라서 사전에 반드시 적정 이자율을 적용하고 이에 대한 이자 수취 및 세금계산서 발행을 철저히 이행해야 합니다.

안전한 ‘시가’ 산정 및 문서화 전략 (세무 리스크 제로화)

법인 간 거래의 안전성을 확보하는 핵심은 세무 당국이 인정하는 **객관적인 시가**를 기준으로 거래하고, 이를 철저히 문서화하는 데 있습니다. ‘시가 입증’은 세무 조사 방어의 첫 번째 방벽입니다.

“특수관계인과의 거래에서 시가를 객관적으로 입증하지 못하면, 거래의 경제적 합리성은 전적으로 세무 당국의 주관적인 판단에 맡겨지게 됩니다. 이는 곧 잠재적인 세무 리스크가 된다는 의미입니다. 중소기업일수록 철저한 사전 준비와 문서화가 필수입니다.”
— KDB산업은행 기업금융연구소, 2023년 보고서 인용

시가 산정 원칙과 증거 확보

시가를 산정하는 방법은 상속세 및 증여세법과 법인세법에서 규정하고 있습니다. 가장 우선순위가 높은 것은 불특정 다수인과 자유롭게 거래된 가격(시장 가격)입니다. 시장 가격이 없는 경우, 다음의 순서에 따라 시가를 적용해야 합니다.

1. 유사 매매 사례가액: 거래 시점 전후 3개월 이내 제3자 간에 유사한 조건으로 거래된 가격.
2. 감정평가액: 신뢰할 수 있는 감정평가기관의 평가액.
3. 보충적 평가 방법: 위의 시가 확인이 불가능한 경우에만 적용하는 방법(예: 비상장 주식 평가액 등).

실무적으로는 거래의 특성에 따라 내부적으로 작성한 ‘가격 산정 보고서’를 첨부하는 것이 좋습니다. 이 보고서에는 시장 동향 분석, 원가 정보, 유사 거래 사례 등을 포함하여 해당 거래 가격이 ‘합리적’이었음을 증명해야 합니다.

거래의 경제적 합리성을 입증하는 문서화 필수 전략

세무 조사가 시작되었을 때, 세무 공무원에게 제출할 핵심 자료는 다음과 같습니다.

• 거래 목적의 명확화: 왜 이 거래가 특수관계 법인 간에 이루어져야 했는지, 제3자와 거래하지 않은 이유를 명확하게 문서로 남깁니다. (예: 기술 보안, 독점 공급의 필요성 등)
• 가격 협상 기록: 가격이 일방적으로 결정된 것이 아니라, 양 법인 간의 충분한 협의와 경제적 논리에 따라 결정되었음을 보여주는 회의록, 이메일 기록 등을 보존해야 합니다.
• 이사회의 승인: 중요 거래의 경우, 이사회의 승인을 받고 이를 의사록에 남겨 법인 운영의 투명성을 확보합니다.

이러한 문서화는 단순히 형식적인 절차가 아닙니다. 이는 법인 간 거래가 단순히 세금을 회피하기 위한 목적이 아니라, **경영상 불가피하고 합리적인 선택**이었음을 주장할 수 있는 유일한 근거 자료가 됩니다.

해외 법인 간 거래 및 하도급법 적용 확대 대응 방안

법인 간 거래의 범위는 국내에만 한정되지 않습니다. 글로벌 공급망을 활용하는 중소기업이 증가하면서, 해외 법인과의 거래 역시 중요한 규제 대상으로 부상하고 있습니다. 특히 공정거래위원회는 해외 법인과의 거래에 대한 규제를 강화하는 추세입니다.

해외 법인 간 거래에 하도급법 적용 가능성 증대

과거에는 국내법인이 아닌 해외 법인 간의 거래에 대해 국내 하도급법 적용이 제한적이었습니다. 그러나 공정거래위원회는 최근 **해외 법인 간 거래**라 하더라도 국내 시장에 미치는 영향이 크다고 판단될 경우 하도급법을 적용할 수 있도록 개정안을 행정예고한 바 있습니다. 이는 국내 기업이 해외 자회사 또는 관계사와 거래할 때도 국내법상의 불공정 거래 행위 규정을 준수해야 함을 의미합니다.

• 원칙: 국내 법인의 지시나 주도 하에 해외 법인 간 거래가 이루어지거나, 국내 법인에 실질적으로 영향을 미치는 경우 적용 가능성이 높습니다.
• 대응 전략: 해외 관계사와의 거래 시에도 계약서 상에 부당한 대금 결정, 부당한 기술 유용, 부당한 발주 취소 등 하도급법에서 금지하는 행위가 포함되지 않도록 면밀히 검토해야 합니다. 특히 기술 유출 방지 및 공정한 납품 단가 협의 절차를 반드시 마련해야 합니다.

국제 조세 관점에서의 이전가격 문제

해외 특수관계 법인 간의 거래는 국내 세법 외에도 ‘국제조세조정에 관한 법률(국조법)’의 적용을 받습니다. 이 법은 국제적인 조세 회피를 막기 위해 **정상가격**을 기준으로 거래가격을 조정하는 **이전가격세제**를 규정하고 있습니다. 여기서의 정상가격은 국내 세법상의 시가 개념보다 더 엄격하고 복잡한 기준을 적용합니다.

해외 법인과의 거래 비중이 높다면, 국제 조세 전문 컨설팅을 통해 정상가격 산출 방법을 미리 정하고 관련 자료(TP Doscumentation)를 철저히 준비해야 합니다. 단순한 내부 문서를 넘어, OECD 이전가격 가이드라인에 부합하는 전문적인 문서를 갖추는 것이 필수적입니다.

중소기업 대표를 위한 거래 구조 최적화 전략 (수익 직결)

법인 간 거래는 리스크 관리의 영역을 넘어, 세금 효율을 극대화하고 가업승계를 원활하게 하기 위한 **전략적 도구**로 활용될 수 있습니다. 단순한 리스크 회피를 넘어, 기업 성장에 직결되는 거래 구조 최적화 방안을 모색해야 합니다.

법인 카드 사용의 투명성 확보 및 비용 처리

특수관계 법인과의 거래에서 발생한 비용을 법인 카드로 결제하는 경우, 그 사용 목적의 적격성을 철저히 입증해야 합니다. 법인세법상 업무 관련성이 없는 지출이나 사적인 경비로 의심될 경우 손금 불산입은 물론, 대표이사의 상여로 처분되어 추가 세금 부담이 발생합니다. **법인카드 사용의 핵심 가이드**를 준수하여, 모든 지출을 업무와 명확히 연결시키는 것이 중요합니다.

특히 특수관계 법인과의 접대비나 복리후생비는 더욱 엄격한 기준으로 관리되어야 합니다. 접대비의 경우 1만 원 초과 지출 시 반드시 적격 증빙(세금계산서, 계산서, 신용카드 영수증 등)을 갖춰야 하며, 목적과 대상이 명확해야 합니다.

가업승계 연계형 거래 구조 설계

장기적인 관점에서, 후계자 또는 후계자가 설립한 법인과의 거래를 활용하여 부를 안전하게 이전하려는 전략이 필요합니다. 다만, 이 과정에서 발생하는 증여의제 리스크를 최소화하기 위해 전문가의 치밀한 구조 설계가 요구됩니다. 가업승계를 고려한다면, 낮은 지분율을 가진 관계 법인에게 성장 잠재력이 높은 사업부나 기술 용역을 제공함으로써 미래의 증여세 부담을 줄이는 방법을 고려할 수 있습니다.

이러한 전략적 거래 설계는 중소기업 가업승계 과정에서 세금 부담을 합법적으로 줄이는 중요한 수단이지만, 복잡한 세법 해석이 필요하므로 반드시 **세무 법무 자문 서비스**를 통해 단계별 로드맵을 확정해야 합니다.

자주 묻는 질문(FAQ) ❓

법인 간 거래, 투명한 경영의 시작이자 성장의 발판

법인 간 거래의 복잡한 규제를 회피 대상으로만 보아서는 안 됩니다. 오히려 이는 귀사의 재무 건전성과 경영 투명성을 확보하는 중요한 기회입니다. 2025년 강화되는 세무 환경 속에서, 모든 거래에 대해 객관적인 시가를 입증하고 이를 철저히 문서화하는 기업만이 불필요한 세무 리스크 없이 성장을 지속할 수 있습니다.

법인세와 증여세, 두 마리 토끼를 잡기 위해서는 단순한 회계 처리를 넘어선 법무 및 세무 전문가의 심층적인 구조 분석이 요구됩니다. 오늘 제시된 실무 가이드를 바탕으로 귀사의 모든 거래가 합법성과 경제적 합리성을 갖추었는지 다시 한번 점검해 보시기 바랍니다.

**면책 조항:** 본 콘텐츠는 2024년 말 기준 세법 및 규제 환경을 바탕으로 일반적인 정보를 제공하는 목적으로 작성되었으며, 특정 법인이나 개인의 구체적인 상황에 대한 세무 또는 법무 자문이 아닙니다. 개별적인 법인 간 거래 구조 설계 및 세금 신고는 반드시 공인된 세무사 또는 변호사 등 전문가와의 상담을 통해 진행해야 하며, 본 정보에 의존하여 발생한 직간접적인 손해에 대해서는 책임지지 않습니다.

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